아급성 갑상선염은 바이러스가 원인일 것으로 추정되고 있는데, 원인 바이러스는 아직 알려지지 않았습니다. 우리 몸의 세포에는 '주조직적합성 유전자(Major Histocompatibility Gene)'라는 것이 있는데, 이는 면역세포로 하여금 특정세포가 아군인지 적군인지를 식별할 수 있게 해주는 꼬리표, 즉 '주조직적합성 복합체'라는 단백질을 만드는 유전자입니다.

아급성 갑상선염은 특정한 주조직적 합성 유전자를 가진 사람에게서 발병이 훨씬 잘 되는 것으로 알려져 있습니다. 즉 유전적으로 이 병에 잘 걸리는 사람들이 있다는 것이지요.

하지만 이런 유전자를 갖고 있다고 해서 모두 발병하는 것은 아니고 그런 사람들이 특정한 환경 인자에 노출되었을 때(아마도 특정 바이러스 감염) 발병하는 것으로 생각되고 있습니다.