일반적으로 션트 수술은 시간이 짧고 복잡하지 않은 수술입니다.

환아가 수술실로 옮겨지면 전신마취를 하게되고 깨끗하게 하기 위해 삭발을 할 것입니다. 머리와 배를 소독제로 깨끗이 닦은 뒤 소독된 포로 덮습니다. 피부 절개는 머리와 배 두군데에 하며 필요에 따라 션트가 지나가는 부위에 한 두개의 아주 조그만 피부 절개가 이루어지기도 합니다.

션트 튜브는 피부 밑에 있는 지방층 밑을 통과하여 뇌실에서부터 복강까지 이르게 됩니다. 두개골에 작은 구멍을 뚫고 뇌막을 절개한 후 뇌실 카테터를 뇌를 지나서 뇌실에 삽입하게됩니다. 복강 카테터 역시 복부에 조그마한 절개를 한 후 복막을 열고 삽입합니다. 피부 절개부위를 봉합하고 수술을 마치게 됩니다.

수술이 끝나면 다시 상처 부위를 소독한 후 회복실로 가게 됩니다. 이곳에서 마취과 의사와 신경외과 의사가 완전히 회복될 때까지 (대부분 수술이 끝난 뒤 1시간 정도) 환자를 관찰합니다. 이때는 환자의 생체징후와 두개강내압 항진 증후들을 체크하며 유아인 경우는 대천문의 상태를 봄으로써 두개강내압을 알 수있습니다.

상처 부위가 붉게 보이거나 손대면 아파하고 약간 붓는 것은 수술 후 일주일간 지속될 수있습니다. 수술 뒤 2,3일 간 미열이 있는 것은 정상이지만 고열이 있다면 그 원인을 찾아 교정을 해줘야 합니다.

어떤 경우에는 의사가 일정한 체위를 취하도록 요구하기도 합니다. 예를 들어 뇌척수액 배액이 많이 필요하면 환자의 머리를 올리고 있게 할 수있습니다.

션트 수술은 대부분 그리 아프지 않습니다, 몇몇 환아들은 목과 배에 압통을 호소하는 경우가 있지만 대부분 경한 진통제로도 잘 조절됩니다. 수술 후 별 이상이 없으면 환아는 1주일에서 10일 뒤에 퇴원하게 됩니다.

션트 수술을 하고 나면 환아의 뇌실 크기는 줄어듭니다. 유아들은 부풀고 단단해졌던 대천문이 가라앉고 부드럽게 만져지고 벌어졌던 봉합도 오므라들어 어떤 경우엔 두봉합이 겹쳐지는 일도 있습니다. 유아를 제외하고는 션트튜브는 피부 밑에서 보여지지 않습니다. 유아기때 수두증 때문에 커졌던 머리 크기는 자라면서 그 나이에 맞는 정상 크기로 돌아옵니다.