조혈 모세포 이식 후 새로 주입된 조혈 모세포에서 혈구가 만들어지기까지 2~3주간이 걸리며 이 기간 중에 백혈구 세포가 감소되어 체내의 면역 상태가 극도로 저하되어 있어, 자신의 체내(구강, 폐, 피부, 혹은 위장관 등)에 정상적으로 있는 세포 균주에 의해서뿐만 아니라 공기 중의 먼지 내에 상존하는 곰팡이 및 세균에 의해서도 심각한 감염이 생겨 생명에 위협을 받게되므로 항균 필터로 정화된 공기만이 주입되는 무균실에서 엄격한 관리를 통한 치료를 받아야 합니다.

물론 이 기간이 경과하여 정상적으로 혈구수가 회복되고 면역 기능이 어느 정도 정상화된 환자는 준 무균실 또는 일반 병실로 옮겨진 후 퇴원을 준비하게 됩니다.