자궁내막암과 유방암이 생길 수 있으며 에스트로겐만 장기간 사용시 자궁내막암이 증가하나 프로게스테론을 적절히 잘 병용하면 자궁내막암 발생이 증가하지 않고 오히려 감소한다는 보고가 있습니다.

또한 에스트로겐과 유방암의 관계는 여전히 확실치 않은데 일부 보고는 전혀 관계가 없다고 하고, 일부에서는 10년 이상 사용시 유방암의 위험률이 5~30% 증가한다고 합니다.

그러나 정기적인 유방암 검사를 통해 유방암을 조기에 찾아 낼 경우 완치할 수 있습니다.

장기적인 호르몬 대체요법을 할 것인지는 골다공증이나 골절 예방과 동맥 경화예방으로 얻는 이득과 치료 부작용으로 인한 득실을 잘 따져서 결정하여야 합니다.