항암제를 사용하면 백혈병 세포뿐 아니라 정상세포들도 파괴됩니다. 백혈구가 현저히 떨어지는데 이것이 장기간 지속되면 병균에 감염되기 쉽습니다.

최근에는 이러한 위험을 줄이기 위해 백혈구 촉진제를 투여하여 백혈구 감소 기간을 단축할 수 있습니다. 항암치료 중 혈소판이 감소되면 뇌출혈·폐출혈 등이 일어날 수 있어 이를 막기 위해 혈소판을 주겠다는 자원자를 구하여 혈소판을 투여하거나 혈액원으로부터의 혈소판을 구입하여 혈소판을 투여합니다.

항암 치료로 인한 위장관의 합병증으로는 점막염(입 안이나 식도·위·장 등의 점막이 헐어 통증과 구내염·위염·설사 등을 유발하는 것)이 있습니다. 오심·구토 등의 증상도 유발될 수 있으나 요즈음에는 약제가 개발되어 어느 정도 예방이 가능합니다. 이외에도 간 기능이 떨어지고 심장에 독성을 나타낼 수도 있습니다. 신경에 독성을 나타내어 손발이 저린다든가 소변을 잘 못 보거나 배에 가스가 차거나 할 수 있습니다. 소아의 경우 한창 자라는 나이이기 때문에 성장 장애 등도 있을 수 있고 성인이 된 후 불임이 될 수도 있습니다.