선천성 척추 후만증의 원인은 태아가 척추의 발육 과정중에 생기는 기형의 일종입니다.

우선 임신 5주 정도에 척추체가 생겨날 때 한 개 혹은 그 이상의 척추가 형성되지 않아 후만증이 생기는 형성 부전형이 있습니다. 가장 흔한 형태로서 변형의 진행 속도가 빨라 청소년 성장기에 급격히 악화되며 하반신 마비도 올 수 있습니다.

또 다른 형태로 척추체가 태아 시기에 마디마디 나누어지는 과정에 이상이 생겨 2개 혹은 그 이상의 척추체가 융합되어 후만증이 생기는 분절 부전형이 있습니다. 비교적 질병의 진행이 더디고 하지 마비의 위험도 덜한 것으로 알려져 있습니다.