소아의 심근염의 원인은 알 수 없는 경우도 많으나 바이러스 감염 후에 가장 흔하며 풍진, 수두 등 여러 바이러스에 의해 초래될 수 있습니다. 또한 디프테리아나 장티푸스 등의 세균감염이나 리케차나 진균 등도 원인이 될 수 있습니다.

가와사키병이나 다카야스 동맥염, 류마티스 심질환에서도 올 수 있습니다. 급성 심근염의 경우 바이러스에 의한 심근에 염증 반응과 세포 손상을 보이나, 만성의 경우 바이러스 감염 후 자가면역 반응에 의한 심근 손상을 보이고 확장성 심근증과도 연관이 될 수 있습니다.