다른 수술과 마찬가지로 PRK도 약간의 부작용이 있을 수 있으나 심각한 합병증은 아주 드뭅니다. 수술 후 감염, 눈부심, 각막 혼탁, 난시 유발 등이 있을 수 있으나, 대개 치료가 잘되며 재수술로 교정이 가능합니다.

수술 후 수술 부위가 치유되면서 나타나는 일반적 현상이 있는데, 초기 과대 교정효과, 빛에 예민해지는 증상, 야간에 빛 주변이 퍼지는 현상, 어두운 곳에서 흐려 보이는 현상, 그리고 약간의 건조감 등이 있습니다. 그러나 대부분의 경우 상처가 치유되면서 사라집니다.