고름을 형성하는 대부분 질환의 치료가 그렇듯이 결핵성 농흉의 치료도 고름을 빼내는 것(배농)이 우선입니다. 배농은 흉관을 늑막강 내로 삽입해 시행합니다.

배농과 함께 항결핵제를 사용하게 되는데, 결핵성 농흉은 두꺼워진 늑막강 내로 항결핵제 침투가 어려운 경우가 많으므로, 가능한 한 여러 가지 약을 환자가 견뎌낼 수 있는 최대한 용량으로 사용하게 됩니다.

또한, 흉관 삽입과 약물 요법만으로는 호전되지 않는 경우가 많아, 대부분 초기에 항결핵 화학요법을 하고 염증이 어느 정도 가라앉으면 수술 요법을 시행하게 됩니다.

수술 후에도 항결핵제는 흉수 천자 검사를 일정 간격으로 지속하면서 결핵균이 보이지 않을 때까지 계속 사용해야 합니다.