항갑상선제는 비교적 부작용이 드문 약제로 많은 양의 약을 장기간 사용하여도 실제로 부작용의 빈도가 높지 않습니다.

항갑상선제의 부작용으로는 과민성 반응으로 두드러기, 피부 반점, 가려움증 등이 약물투여 초기에 나타날 수 있는데, 약을 바꾸거나 항히스타민제를 복용하면 곧 없어집니다. 근육통이나 관절통이 있는 경우 그대로 관찰하거나, 심하면 소량의 진통제를 병용하면 좋아집니다.

중대한 부작용으로 과립구감소증(혈액 내에 방어 세포인 과립구가 감소하는 것)이 있는데 환자의 약 0.1~0.5%에게서 나타납니다. 이 부작용은 투여용량이나 기간, 연령 등과 무관하게 나타날 수 있으며, 예고 없이 갑자기 나타나므로 예측이 어렵습니다. 대부분 인후통을 동반한 고열로 발현되며, 발견 즉시 항갑상선제 투여를 중단하고 적절한 항생제를 투여하며 기다리면 거의 회복됩니다.

극심한 경우 과립구가 전혀 없는 무과립구증으로 나타납니다. 따라서 항갑상선제를 복용하는 환자가 복용 중에 갑자기 고열과 인후통이 발생하면 즉시 약을 중단하고 적절한 치료를 받아야 합니다.

드물게 간 손상이 나타나는데, 이러면 항갑상선제의 투여를 중단하고 보존적 치료로 대개는 회복되지만, 드물게는 간부전증으로 회복되지 못하는 경우도 있습니다.