수술은 갑상선 결절이 있거나, 임파선 비대, 쉰 목소리 등 갑상선암을 의심하는 소견이 있거나, 크기가 너무 커서 미용상 문제가 있거나, 목의 이물감 및 압박증상이 심하거나, 임신 중인 환자가 항갑상선제에 반응이 없거나 부작용이 심하여 투여가 불가능한 경우, 방사성 요오드 치료에 반응이 없거나 원하지 않는 경우에 우선 수술을 고려합니다.

수술은 갑상선 조직을 약 5~10g 정도를 남기는 아전절제술을 시행하는 것이 보통이며, 주된 합병증으로 남긴 갑상선 조직의 양에 따라 갑상선 기능항진증의 재발이 생기거나, 갑상선기능저하증이 발생할 수 있습니다. 수술로 갑상선 조직을 70~80% 정도 제거하는 데는 숙련된 일반외과 의사의 경험이 필요합니다.

일반적으로 60~70%에서 치유되나 5~10%에서 재발하며, 약 20~30%의 환자에게서 갑상선기능저하증이 발생합니다. 많은 환자에서 일과성의 갑상선기능저하증이 나타나는데, 대개 수술하고 후 6개월이 지난 후에도 회복되지 않으면 영구적으로 갑상선 호르몬을 투여하여야 합니다.

드물게 일과성의 부갑상선기능저하증이 발생할 수 있으나, 1~3개월 정도 칼슘과 비타민 D를 투여하면 대개는 회복됩니다. 영구적인 부갑상선기능저하증은 환자의 약 1%에서 나타날 수 있으나, 경험 있는 일반외과 의사가 수술한 경우에는 아주 드뭅니다. 하지만 제일 괴로운 합병증으로 수술을 꺼리는 이유 중의 하나입니다.

회귀 후두신경의 손상으로 인한 문제는 거의 발생하지 않고 발생한다고 하여도 대개는 일측성이며 어느 정도의 시간이 지나면서 쉰 목소리가 정상으로 회복되는 것이 통상적입니다.