대장내시경검사는 환자의 입장에서 볼 때 일반적으로 매우 고통스러운 검사로 인식되고 있으며 의사의 입장에서 볼 때에도 육체적으로나 정신적으로 부담스러운 검사법입니다. 그러나 최근에는 대장내시경 기기와 내시경을 다루는 기술이 획기적으로 발달하여 검사 성공률이 95% 이상에 이르게 되었으며 검사시간도 많이 단축되었고 환자가 느끼는 고통도 훨씬 덜하게 되었습니다.

세브란스 병원에서 대장내시경검사를 받은 환자를 대상으로 조사한 바에 의하면 대부분 환자가 고통이 생각보다 훨씬 덜하다고 했습니다. 검사에 수반되는 괴로움을 객관적으로 알아보기 위하여 소화기 질환의 진단에 흔히 사용되는 상부 소화관 내시경검사(위내시경) 또는 대장조영술과 대장내시경검사를 비교해 보았더니 대장내시경검사가 상부 소화관 내시경검사나 대장조영술에 비하여 더 어렵다고 대답한 사람은 전체의 1/4 이하에 불과했습니다.

대장내시경검사 시의 통증이나 긴장을 완화하기 위해서 진통제나 진정제를 투여하는 것이 필요하다는 견해가 일반적입니다. 투여하는 약품의 종류나 용량은 나라나 의사 그리고 환자에 따라 매우 다양합니다. 흔히 사용되는 약제는 진정제, 진통제 및 진경제인데 때로는 이들 약제를 조합하여 복합적으로 투여하기도 합니다.