난소암의 경우뿐만 아니라 각종 양성 질환, 즉 자궁내막증, 골반 염증성 질환, 임신 및 자궁근종 등에서도 CA125의 상승이 관찰되며 폐, 유방, 대장, 자궁경부, 자궁내막 및 췌장 등에 생긴 악성 종양에서도 CA125의 상승이 나타날 수 있습니다. 이것은 난소 종양조직 뿐만 아니라 신체 여러 부위의 상피(epithelium)에서도 CA125가 분비되기 때문입니다. 특히 골반염 등의 양성 부인과 질환에 이환되기 쉬운 폐경 전 여성에서의 낮은 특이도와 초기 난소암이나 점액성 종양 환자에서의 낮은 민감도가 문제점으로 되어 있습니다.