일반적으로 치료를 잘 받았다면 문제가 없습니다. 그러나 여성의 경우 증상이 없는 경우도 흔하고 치료를 하지 않아도 증상이 사라지는 경우도 종종 있습니다.

클라미디아 요도염의 치료를 잘 받지 않은 경우 감염된 여성이 출산 때 자기 아이에게 이 병원체를 옮길 수 있으며 제왕절개로 태어난 아이에게도 분만 전에 양수막이 터지면 감염될 수 있습니다. 클라미디아 요도염의 치료를 잘 받지 못해서 자궁경부에 클라미디아를 가지게 되고 이로 인해 옮겨지게 될 수 있습니다.

감염된 아이는 반드시 치료를 받아야 하며 치료되지 않으면 폐렴, 결막염 등의 심각한 부작용이 생길 수 있습니다. 트리코모나스 감염은 신생아에게 별다른 문제가 없는 것으로 판단됩니다.