모든 사람들이 부모로부터 유전되는 다른 사람들과 구분되는 육체적 특징을 갖습니다. 눈이나 머리카락색 같은 것은 쉽게 육안으로 구분할 수 있으며 특정 기술을 이용하면 지문이나 혈액형과 같은 것들도 구분할 수 있습니다.

백혈구는 그 표면에 HLA 계통이라고 불리는 타인과 구별되는 유전학적 "지문"을 가지고 있습니다. 이 항원은 세균 또는 바이러스 혹은 자신의 인체와는 다른 이물질과 같은 외부 침입자에 대하여 신체를 방어하는 중요한 역할을 하는 단백질의 일종입니다.

T-세포라고 불리는 림프구는 체내에 존재하는 모든 종류의 항원을 인식하기 위해 출생시부터 이미 흉선이라는 조직에 의하여 교육을 받고 있으며, 원래의 자기자신과 다른 이종 항원이 체내로 들어왔을 때 침입한 물질을 공격하고 파괴하기 위해 T-세포를 포함하여 여러 가지 면역 체계들을 동원시킵니다.

이와 비슷하게 공여자로부터 환자에게 골수가 이식되었을 때 환자의 T-세포가 주입된 공여-골수에 있는 세포상의 항원을 검색하여, 만약 항원이 "나와는 다른 종류; non-self"로 인지된다면 신체 내의 면역 체계가 공격을 시작합니다. 만약 환자의 면역체계가 공여된 골수를 파괴한다면, 이식 거부반응이 일어나고 골수 이식은 실패하게 됩니다.

이와는 반대로(그리고 더 흔하게) 공여자의 골수에 있는 T-세포(즉 환자 자신의 T-세포가 아닌 공여자의 T-세포)가 환자의 신체를 "나와는 다른 종류; non-self"로 인식하는 경우에는 환자의 체내 장기가 면역 체계에 의하여 공격을 받게 됩니다. 이러한 상황을 이식 편대 숙주병(GVHD)이라고 합니다(이식편은 주입된 공여-골수이고, 숙주는 환자입니다).

이식편대숙주병은 일반적으로 치명적이지는 않으나 골치아픈 부작용이며, 심각한 경우는 치명적일 수 있습니다.

백혈구에 존재하는 HLA는 부계와 모계로부터 1개씩 받아서 2개가 1쌍을 이루고 있습니다. 이들 중 3가지 위치에 존재하는 3종의 항원 즉 HLA-A, HLA-B, HLA-DR이 이식 거부반응과 이식 편대 숙주병의 발생 유무를 결정하는데 중요한 역할을 합니다. 또한 HLA-D,-E,-DP, DQ와 같은 부위에도 항원의 쌍들이 존재하고 있으나 골수 이식에 있어서 이들의 중요성은 아직 완전히 알려져 있지 않습니다.

현재까지 HLA-A 위치에 24개 이상, HLA-B 위치에는 52개 이상, HLA-DR 위치에 20개 이상의 각기 다른 항원이 알려져 있습니다. 각각의 사람이 각각의 위치에 2개의 항원을 가지고 있기 때문에 일반인에게는 이론적으로 6억개 이상의 조합이 가능합니다.

그러나 다행스럽게도 HLA-A, -B와 -DR 위치에 있는 항원은 일반적으로 부모로부터 각각 "haplotype"이라고 불리는 짝으로 유전하기 때문에 일반인에게 발견되는 가능한 HLA의 수는 이론상의 조합보다는 훨씬 적습니다.