갑상선호르몬치료의 부작용으로 너무 많은 양의 갑상선호르몬을 투여할 경우 오히려 호르몬 과다로 인하여 골다공증이 발생하거나 갑상선중독증의 증상이 발생하게 되며, 심실벽의 두께와 수축력을 증가시켜서 협심증을 악화시킬 수 있습니다.

또 고령에서는 심방세동의 위험을 증가시킵니다. 따라서 주기적인 호르몬검사를 통하여 꼭 필요한 양의 갑상선호르몬이 투여되도록 용량을 조정하여야 합니다.

반대로 갑상선호르몬을 부족하게 투여하면 갑상선기능저하증의 증상이 개선되지 않게 됩니다.