말초혈액으로부터 조혈모세포를 추출하는데 사용되는 과정은 혈소판 공여자로부터 혈소판을 채집하는데 사용되는 과정과 비슷합니다.

세포분리기계나 "apheresis(혈액분반술; 헌혈할 때와 비슷하게 피를 모으나 필요한 성분만 모으는 것)" 기구에 연결된 바늘이 환자의 팔에 연결되고 혈액이 한쪽 팔에서 뽑아져서 조혈모세포를 추출하기 위해 고안된 기계내를 순환한 후 나머지 조혈모세포가 아닌 세포는 다른 팔에 있는 바늘을 통해 환자에게로 다시 주입됩니다.

말초혈액 조혈모세포 수집시에는 통증이 거의 없으나 때때로 수집하는 동안에 어지러움, 추위, 입 주위의 저림, 손에 경련 등이 나타나기도 합니다.

일반적으로 안전한 이식이 가능하도록 충분한 양의 조혈모세포를 모으기 위해서는 한번에 2~6시간 정도씩 총 3~4회의 수집이 필요합니다. 만약 "성장 촉진인자" 또는 "집락 자극인자" 같은 약제들(즉 G-CSF 혹은 GM-CSF)이 말초혈액 내의 조혈모세포가 수집되기 전이나 수집되는 기간 동안에 투여된다면 더욱 효과적입니다. 수집된 조혈모세포는 "동결보관"이라고 불리는 과정을 이용해 매우 낮은 온도에서 얼려집니다.