자궁내막증으로 인한 불임의 원인을 한가지라고 말할 수는 없지만, 일반적으로 심한 자궁내막증으로 인한 골반내 유착, 난소와 난관의 변형, 난소 조직의 파괴등의 원인을 들 수 있습니다. 즉, 자궁내막증으로 인하여 골반내 정상 해부학적 구조의 변화로 인한 배란된 난자의 나팔관으로의 진입 방해와 난소의 기능장애로 인한 배란의 장애로 볼 수 있습니다.

그러나, 초기 자궁내막증의 상태에서 불임의 원인은 아직 명확하게는 밝혀져 있지는 않지만, 대개 60~70%의 초기 자궁내막증 환자가 치료를 시작한지 1년 이내에 임신이 되는 것으로 보아, 자궁내막증이 수태능력에 장애를 일으키는 것으로 볼 수 있습니다.

자궁내막증이 불임을 일으키는 기전은 다음과 같이 요약할 수 있습니다.

- 난포의 성장과 기능을 방해하여 정상적인 배란의 기능을 저하시킴
-정자의 이동의 방해
- 난자의 배출을 방해하여, 무배란 상태를 만듦
- 복수의 화학적인 변화를 야기하여, 난자와 정자에 적대적인 환경을 형성함