자궁과 양측 자궁부속기(난소, 난관) 절제수술을 하지 않는 경우에는, 대개 자궁내막증은 재발하는 경향이 있습니다. 그러나 이러한 수술을 모든 환자를 대상으로 시행할 수는 없으며, 대부분 복강경을 통한 진단 후에 증상의 완화를 목적으로 한 약물치료를 받게 됩니다.

약물치료후의 재발율은 대략 1년에 5~20%이며, 치료후 5년뒤에는 많게는 40%까지 재발하게 됩니다. 그러나 대개 증상은 전보다 덜하게 되고, 치료 약제의 선택이나 치료 성적은 처음과 큰 차이가 없습니다.