치료 시 사용하는 감마글로불린에 의해 생바이러스 백신인 MMR 또는 수두 예방접종과 같은 일부 백신 접종 시, 체내에서 백신에 의한 면역 반응이 방해 받을 수 있으므로 어느 정도 기간의 간격을 두어야 합니다.

가와사키병 치료 후 수두 백신은 적어도 5개월 후, MMR은 11개월 후로 접종을 연기시켜야 합니다. 다른 예방접종은 스케줄대로 계속하도록 합니다.

관상동맥류가 있어서 아스피린과 같은 항응고제를 지속적으로 복용하는 6개월에서 18세까지의 소아 환자는 매년 인플루엔자 예방접종을 시키도록 합니다.